O funcionamento das estruturas celulares, como núcleo organelas, de ambos os tipos celulares é muito semelhante, embora existam, obviamente, especificidades. Por exemplo, tanto na célula animal como na célula vegetal, o peróxido de hidrogênio, molécula muito reativa que poderia causar danos às células, gerado o como subproduto de várias reações, é produzido e degradado dentro do peroxissomos. Nessas organelas, em células vegetais, acontecem também  as rotas bioquímicas de conversão de lipídeos em carboidratos, conversão essa que não ocorre nos animais. Logo, graças aos peroxissomos  as sementes de oleaginosas, como da soja, são capazes de usar os lipídeos armazenados para a formação de componentes da parede celulose, por exemplo, durante o processo germinativo. Além disso, os cloroplastos estão presentes somente nas células vegetais conferindo a elas a capacidade de realizar a fotossíntese. É  claro que a presença de vacúolos e parece celular também implicam em diferenças de funções entre células animais e vegetais.